PCR實(shí)驗(yàn)室原則上分為四個(gè)單獨(dú)的工作區(qū)域：試劑準(zhǔn)備區(qū)、標(biāo)本制備區(qū)、擴(kuò)增區(qū)、產(chǎn)物分析區(qū)。為避免交叉污染，進(jìn)入各個(gè)工作區(qū)域必須嚴(yán)格遵循單一方向進(jìn)行，從試劑準(zhǔn)備區(qū)→標(biāo)本制備區(qū)→擴(kuò)增區(qū)→產(chǎn)物分析區(qū)單向流動(dòng)。

    實(shí)驗(yàn)室空調(diào)通風(fēng)系統(tǒng)設(shè)計(jì)及壓力控制是PCR實(shí)驗(yàn)室的重中之重，雖然PCR實(shí)驗(yàn)室沒有嚴(yán)格的空氣潔凈度要求，但是為避免各個(gè)功能區(qū)之間交叉污染的可能性，應(yīng)采用送風(fēng)、全送全排的氣流組織形式，并保證各功能區(qū)的壓力梯度要求。各功能區(qū)的壓力梯度要求如下：

    試劑準(zhǔn)備區(qū)主要進(jìn)行的操作為貯存試劑的制備、試劑的分裝和主反應(yīng)混合液的制備。試劑和用于樣品制作的材料應(yīng)直接運(yùn)送至該區(qū)，不得經(jīng)過其他區(qū)域。試劑原材料必須貯存在本區(qū)內(nèi)，并在本區(qū)內(nèi)制備成所需的貯存試劑。

    標(biāo)本制備區(qū)主要進(jìn)行的操作為樣本的保存、核酸(RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴(kuò)增反應(yīng)管和測(cè)定DNA的合成。本區(qū)的壓力梯度要求為：相對(duì)于鄰近區(qū)域?yàn)檎龎?，以避免從鄰近區(qū)進(jìn)入本區(qū)的氣溶膠污染。另外，由于在加樣操作中可能會(huì)發(fā)生氣溶膠所致的污染，所以應(yīng)避免在本區(qū)內(nèi)不必要的走動(dòng)。

    擴(kuò)增區(qū)，已制備的DNA模板 (來自樣本制備區(qū))的加入和主反應(yīng)混合液(來自試劑制備區(qū))制備成反應(yīng)混合液等也可在本區(qū)內(nèi)進(jìn)行。本區(qū)的壓力梯度要求為：相對(duì)于鄰近區(qū)域?yàn)樨?fù)壓，以避免氣溶膠從本區(qū)漏出。為避免氣溶膠所致的污染，應(yīng)盡量減少在本區(qū)內(nèi)的不必要的走動(dòng)。個(gè)別操作如加樣等應(yīng)在超凈臺(tái)內(nèi)進(jìn)行。

    產(chǎn)物分析區(qū)主要進(jìn)行的操作為擴(kuò)增片段的測(cè)定。本區(qū)是主要的擴(kuò)增產(chǎn)物污染來源，因此對(duì)本區(qū)的壓力梯度的要求為：相對(duì)于鄰近區(qū)域?yàn)樨?fù)壓，以避免擴(kuò)增產(chǎn)物從本區(qū)擴(kuò)散至其它區(qū)域。

    PCR實(shí)驗(yàn)室的核心問題是如何避免污染，由于一旦發(fā)生污染，實(shí)驗(yàn)就必須停止，直到找到污染源為止，而且實(shí)驗(yàn)結(jié)果必須作廢，需重新進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。所以發(fā)生污染后再圍繞實(shí)驗(yàn)室來尋找污染源不但耗時(shí)而且繁瑣，浪費(fèi)人力物力。PCR實(shí)驗(yàn)室常見有擴(kuò)增產(chǎn)物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標(biāo)本間的污染等。因此要避免污染，事前預(yù)防是關(guān)鍵。

    專業(yè)的設(shè)計(jì)是避免污染的源頭，先應(yīng)做到各個(gè)功能區(qū)域科學(xué)合理布置；各個(gè)功能區(qū)域要有明顯的標(biāo)記(如醒目的門牌或不同的地面顏色等)，以避免各個(gè)不同實(shí)驗(yàn)區(qū)域設(shè)備物品、試劑等發(fā)生混淆。

    其次應(yīng)具備合理的空調(diào)通風(fēng)系統(tǒng)設(shè)置，盡量采用送風(fēng)、全送全排的空調(diào)系統(tǒng)；嚴(yán)格的壓力梯度控制、緩沖、門開啟關(guān)閉互鎖，以確保“不串風(fēng)”。

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